Durante o relacionamento de trabalho, Clara começa a perguntar para Elisabeth sobre a sua vida e sobre a sua fé. Então, Elisabeth assume que está passando por problemas em seu casamento e Clara aconselha que ela transforme o seu closet em um quarto de oração. Para Clara, é pela oração que se vence qualquer batalha.
Então o filme passa a mostrar Elisabeth batalhando por meio da oração por seu casamento com Tony. Nesse caminho, ela começa a observar onde estavam os seus erros no casamento e também como mãe. Dessa forma, ela passa a tentar melhorar naquilo que ela diagnosticou como sendo problemas que dependiam dela em seu casamento.
No filme, a oração transforma completamente a pessoa de Elisabeth e, por meio disso, o seu casamento. Não de uma forma fácil, mas por uma guerra espiritual que é lutada por Elisabeth todos os dias em seu pequeno quarto de oração. A história mostra como as atitudes da mulher constrangem Tony, que estava à beira de trair sua esposa.
No clímax da história, Tony encontra uma oração em formato de carta feita por Elizabeth em seus momentos de batalha. Nela, a mulher ora pela vida do marido, fala sobre suas qualidades, sobre os seus defeitos e erros como marido e pede para que Deus transforme o coração dele, para que eles pudessem construir um relacionamento mais saudável e uma família sólida e de fé.
Quarto de guerra fala sobre fé e sobre as lutas espirituais que os cristãos batalham quando passam por situações difíceis. O filme mostra como a oração, quando feita com todas as forças, pode transformar situações. As lutas espirituais são mostradas de forma poética e emocionantes por todo o enredo do longa. No fim da história, o casal passa a se dedicar um ao outro e os dois juntos a Deus e a sua família.